Film ini mengisahkan cerita mengenai bagaimana asal usul dari Logan/Wolverine.
Logan pada masa kecilnya sering sakit, dan memang wajar untuk anak yang masih seumuran seperti dia dan memiliki kekuatan mutant pada kerangka tulangnya.
Karena kesalah pahaman, Logan membunuh ayah-nya sendiri yang membunuh pengasuh Logan, sampai akhirnya dia melarikan diri bersama dengan saudaranya (Victor yang nantinya akan menjadi sabretooth) yang memiliki kekuatan mutant juga.

Logan dan Victor tumbuh dewasa melewati berbagai macam perang, sampai akhirnya mereka berdua ditangkap karena pembunuhan yang mereka lakukan terhadap aparat hukum.
Meraka dihukum mati, tapi karena mereka memiliki kemampuan penyembuhan, mereka tidak tewas :)

Mereka bertemu dengan seseorang yang bernama William Stryker, yang me-rekrut mereka. Stryker juga memiliki anggota mutant yang lain.
Stryker mencari sebuah meteorite, dan semakin lama, Stryker menjadi makin kejam dan bengis terhadap rakyat jelata.
Logan akhirnya memilih untuk meninggalkan team tersebut dan menjadi rakyat jelata, sementara Victor jadi kejam juga yang membunuh salah satu anggota team X.

Stryker akhirnya bertemu dengan Logan kembali dan menawarkan dia untuk join kembali, tetapi Logan menolak. Hal ini menyebabkan ceweknya dibunuh oleh Victor.
Logan balas dendam pada Victor, tapi ternyata dikalahkan dengan mudah.
Stryker menawarkan kembali kepada Logan untuk join, dan akhirnya Logan setuju.

Akhirnya Logan menjadi kelinci percobaan untuk diberikan logam adamantium pada diri Logan. Dia meminta namanya dikenal sebagai Wolverine.
Operasi ini berhasil dengan sukses, saat Logan sadar bahwa memorinya ingin dihapus, Logan marah dan melarikan diri.
Dan inilah bagaimana Wolverine muncul pada X-MEN. X menandakan percobaan ke 10.

Referensi :
http://www.imdb.com/title/tt0458525/synopsis